Магия — элемент геймплея, добавляемый модификацией Thaumcraft.
Это магическая энергия, находящаяся в магических узлах, предметах и приборах. В начале она содержится только в магических узлах, но при изучении её игроком распространяется и на вещи. Таким примером может служить заряд энергии в волшебном посохе, её накоплении в кристаллическом конденсаторе и так далее.
Её накопленное количество в различных местах можно посмотреть в левом нижнем углу экрана при надетых очках откровения. Оно может быть абсолютно различно и варьироваться между рядом стоящими магическими узлами целыми сотнями.
Все магические предметы могут брать начало только из первичных источников, то есть магических узлов, и в связи с этим сильно взаимосвязаны с ними, при малом количестве магии в узлах заряд начнёт поступать в вещи прерывисто, а при полном отсутствии магии заряд полностью перестанет поступать.
При набирании заряда магическими предметами магия берётся из одного магического узла, в связи с чем она резко падает в нём. Но при помощи соседних узлов вновь восполняется за несколько секунд или минут, в зависимости от количества взятой энергии.
Всё же магические приборы не могут работать при полном отсутствии магии, так как для вершения своих волшебных вещей и событий им необходимо откуда-то брать заряд.
По сути, магия является наиболее важным аспектом в развитии игрока в различных магических отраслях.