Трансмутации — это создание некоторых предметов путём объединения нескольких аспектов в тигле. В модификации всегда присутствуют как минимум три типа трансмутаций - золотая, железная и пороховая. Кроме того, если за счет других модификаций в игре присутствуют другие металлы (например, медь), то ThaumCraft разрешает проведение некоторых из них после соответствующих исследований.
Все трансмутации требуют изучения соответствующих исследований для своего проведения.